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Cecilia Deng做客,讲述基因组学技术的应用

核心提示: 6月16日,新西兰生物信息学家Ms. Cecilia Deng受我校徐娟教授邀请做客园林楼419,带来了一场以“现代育种中基因组学技术的应用”为主题的学术讲座,同学们在轻松的氛围下了解目前生物信息学方面的最新知识以及基因组学的应用。

南湖网讯(通讯员 6月16日上午,新西兰生物信息学家Ms. Cecilia Deng受我校徐娟教授的邀请做客园林楼419,带来了一场以“现代育种中基因组学技术的应用”为主题的学术讲座。

Cecilia Deng首先介绍了目前新西兰植物与食品研究所的研究现状,研究所主要以消费者喜好为指向,进行以猕猴桃、西洋梨等为主的育种,并借以先进的技术手段进行研究。其次她讲解了基因组的组装与注释,对测序的数据通过软件进行组装并调整参数,主要以Hi-C即Chromosome(染色体) Conformation(构象) Capture(捕获)(3C)+NGS 技术进行,再进行重叠群分析和搭建支架,再到染色体水平的组装并预测基因可能的结构与功能,最后进行注释。Cecilia以新西兰特有的麦卢卡蜂蜜讲解了基因组的组装,并以猕猴桃为例进行高通量基因组注释的讲述。她还讲述了运用GBS workflow等软件进行高通量基因型的研究,即以传统的实验操作技术加上先进分析技术完成所需数据。最后以猕猴桃一组数据讲述了目前的研究进展,并表明参考基因组的重要性。

除了精彩的报告,Cecilia还从新西兰带来了美食与大家分享,在轻松的氛围中,同学们全神贯注聆听讲座,并向Cecilia提出自己的问题。果树学朱峰博士问到:“芽变是否会影响基因组数据?” Cecilia回答说她看到芽变的情况很少,目前也没有遇到过这种情况,但理论上讲应该影响不是很大。杨宏宾也问到如果平均两份DNA进行测序用20×结果不一,是否是因为×量太少。Cecilia回答说是的,条件允许的情况下×数高一些会有更准确的结果等。

讲座在同学们的积极提问和讨论中结束,同学们都感觉收获颇多,和Cecilia的交流中解决了一些困扰自己很久的问题。

人物简介:Cecilia Hong Deng,新西兰植物与食品研究所(PFR)高级生物信息学家。主要研究领域包括梨、苹果、猕猴桃、柑橘、真菌及细菌的基因组学和转录组学的生物信息学研究。目前,Cecilia的研究工作包括西洋梨(巴梨)、猕猴桃、苹果基因组测序、组装,蔷薇科苹果亚科SNP-CHIP设计制作等大型项目。

审核人:肖晗

责任编辑:张世进